A história se passa em uma escola em que a presidente do Conselho Estudantil, Satsuki Kiryuuin, controla tudo pela força. Empunhando uma gigante espada tesoura Basami, a estudante transferida Ryuuko Matoi provoca revolta no campus. Ryuuko procura pela figura misteriosa que causou a morte de seu pai, mas contra ela estão os “Quatro Reis Divinos” do conselho estudantil. Felizmente, Ryuuko é auxiliada por um uniforme de marinheiro falante que lhe diz: “Vista-me. Quando estou vestido por você, esse poder irá se manifestar.”