Monster Farm conta a história de Genki, um garoto viciado em videogames que ganha como prêmio por ter vencido uma competição um novo jogo que ainda não saiu no mercado. Mas, para sua surpresa, quando ele tenta jogá-lo, vai parar dentro do jogo, em outro mundo e lá conhece inúmeros personagens. Nesse mundo, os humanos vivem pacificamente, na maior parte do tempo, com os monstros que lá existem. Esses monstros nascem de discos que podem ser encontrados em todos os tipos de lugares. Para trazê-los a vida, são colocados em santuários especiais. Existem centenas de tipos de monstros, de todos os jeitos, cores e formatos. Junto a uma garota, Holly, e vários monstros, ele descobre um mundo completamente diferente do seu, onde o vilão Muu quer controlar todos os monstros e destruir o mundo, então o grupo sai em busca da Fênix para revivê-la.