No início do século 21, um meteorito se chocou contra a Antártida. Após os cientistas estudarem o acidente uma gigantesca explosão acontece, classificados como “Segundo Impacto”. Shinji Ikari é um menino de catorze anos que vai a Toyko3, uma cidade que também serve como uma fortaleza, para se encontrar com seu pai, que o deixou há muitos anos. A cidade também acontece a ser invadida por criaturas monstruosas chamado “Angels”. E no momento da sua chegada, de alguma forma, Shinji encontra-se com a Unidade 01, e consegue sincronizar com o robô gigante. Shinji é dito para se tornar seu piloto permanente, e é jogado em combate como a última defesa da cidade para lutar contra os anjos. No entanto, em suas lutas, Shinji começa a perceber a verdade por trás dos Anjos, o Segundo Impacto, a luta do homem contra Deus e o que ele realmente tem medo.