Brotherhood se passa em um mundo chamado Eos, ocorrendo antes dos eventos de Final Fantasy XV. O Reino de Lucis, guardiã do último cristal mágico do mundo, está em guerra com o tecnologicamente avançado Império de Niflheim, com este último tendo dominado boa parte do mundo conhecido. Um tratado de paz entre as duas nações é concordado depois de anos de conflito. Como parte dos termos de paz, Noctis Lucis Caelum – único filho do rei Regis Lucis Caelum CXIII e príncipe herdeiro de Lucis – deve se casar com Lunafreya Nox Fleuret, ex-princesa da província de Tenebrae e uma refém de Niflheim. Noctis parte para se casar com Lunafreya junto com seus companheiros e amigos leais: Gladiolus Amicitia, Prompto Argentum e Ignis Scientia. No caminho o império acaba traindo Lucis, roubando o cristal, fazendo com que Noctis siga em uma jornada para retomar o trono e derrotar Niflheim